英法聯軍之役後，西元1865 年馬雅各從府城到打狗行醫傳教，在旗津設立長老教會，後於1935 年蓋立教堂，就是現在所看到的旗津長老教會。教堂是日據時期混合風格鋼筋混泥土建築，黃褐色洗石子外牆，外觀像是仿羅馬式小型教堂，早先建立時面海，但開 路後卻背對主要街道（廟前路），好處是隔絕外面海產店的喧囂，在教會裡特別感到寧靜安詳。
旗津是漢人在打狗（高雄古名）最早開發的地 方，因具港滬通商的重要地理位置，所以早期的旗津是高雄最繁華的區域，怡和洋行、馬克斯洋行、萊斯樓洋行相繼前來從事貿易，形成以旗后天后宮為中心的大市 集。使旗津擁有高雄最早的街道（通山街）、最老的天后宮，以及最早的長老教會旗後教會。
旗後教會是清朝英法聯軍之役後，1865 年蘇格蘭長老教會傳教士馬雅各從府城到打狗行醫傳教，最初是於通山街（高雄第一街）朝日鐵工廠處租店面傳道醫病，隔年6月於旗後山腰買地蓋醫館，並建築禮拜堂，這是台灣基督長老教會第一間禮拜堂，名叫「打狗禮拜堂」。
為紀念盡力研究熱帶病症，有「熱帶醫學之父」的萬巴德醫生，醫館名是「慕德醫館（打狗醫館）」，這就是台灣第一間西醫醫館。後來也招募學生習醫，而林晟 還曾得到醫學文憑証件，所以此地也為台灣第一間醫學院，隨後馬雅各於1866 年設立教堂，就是現在所看到的旗後長老教會。
黃褐色的洗石子外牆，外觀像是仿羅馬式小型教堂，早先建立時面海，但廟前街開路後卻背對街道，因而阻隔海產店的喧囂，若想尋覓一個看書的好環境，靜謐的一樓也可以考慮，因為在教會特別感到安詳寧靜。